O último Abade Comendatário do Mosteiro de Pombeiro nasceu em Lisboa, no ano de 1531, sendo filho bastardo do Infante D. Luís e de mulher plebeia - Violante Gomes, a Pelicana , e neto de D. Manuel I.

Em 1542 encontra-se a estudar Gramática no Mosteiro da Costa, em Guimarães, indo mais tarde para Coimbra, onde ingressa no Mosteiro de Santa Cruz licenciando-se em Artes em 1551. Posteriormente vai estudar Teologia para o Colégio dos Jesuítas de Évora. Professou a Ordem de Malta e foi-lhe atribuído o Priorado do Crato.

Em março de 1564 D. Sebastião concedeu-lhe alvará para apresentar uma pessoa hábil para exercer o ofício de Escrivão Público e Judicial do Couto de Pombeiro. Acontece que dedicava pouco tempo ao Mosteiro. Para mais, com a subida de D. Sebastião ao trono, D. António é empossado como governador de Tânger. Como resultado começam a ouvir-se críticas pelo facto de o Abade Comendatário não reservar "hum minuto de tempo aos cuidados da prelazia de Pombeiro". Não admira que, em 1578, o Mosteiro se encontrasse em estado ruinoso e lastimoso, segundo Frei António de Assunção Meireles. Nesse mesmo ano, participa na batalha de Alcácer-Quibir onde é feito prisioneiro. Uma vez resgatado, as suas atenções vão-se voltar para a sua candidatura ao trono português e não para a gestão do Mosteiro.

Não admira assim que, a 23 de novembro de 1579, D. António Prior do Crato é privado de todas as honras, jurisdições, privilégios, rendas, graças e outras mercês concedidas pelos reis antecessores no Mosteiro de Pombeiro. Com a morte do Cardeal D. Henrique, os partidários de Prior do Crato aclamam-no rei em Santarém, em 19 de junho de 1580. Mas, não dispondo de um exército organizado, é derrotado na Batalha de Alcântara pelo exército de Castela no dia 25 de agosto desse ano. Com a derrota, foge para o estrangeiro vindo a falecer de forma miserável, em Paris, a 26 de agosto de 1595.