Nasceu na Quinta do Souto (ou da Caravela), paróquia de Pombeiro, concelho de Felgueiras, em 18 de março de 1590.

Era filho de Amador Peres de Eiró, fidalgo da Casa Real e de D. Luísa de Faria, neta do senhor de Valmelhorado. Foi batizado na Igreja do Mosteiro Beneditino de Pombeiro.

Aos 10 anos foi estudar Humanidades para Braga. O empenho demonstrado nos estudos não passou despercebido, tendo, em 1604, entrado, como secretário, ao serviço do Arcebispo do Porto, D. Francisco Gonçalo de Morais que, aliás, era seu parente.

Em 1614 casa com Catarina Machado, filha de Pedro Machado, primeiro contador da Fazenda Real do Porto, e de Catarina Lopes Ferreira.

Desejoso de altos cargos, em 1619, parte para Madrid como secretário particular de Pedro Álvares Pereira, Conde de Muge, que ocupava o cargo de Secretário do Conselho de Estado da dinastia Filipina para os negócios de Portugal.

Após a Restauração da Independência portuguesa, em 1640, decide não regressar a Portugal por motivos ainda não inteiramente esclarecidos.

No entanto, existe a teoria que defende que Manuel de Faria e Sousa não regressou para que pudesse funcionar como informador da coroa portuguesa sobre as ações de Madrid.

Faleceu a 3 de junho de 1649 na casa do marquês de Montebelo. Sepultado no Mosteiro Premonstratrense de Madrid, foi posteriormente transladado para o Mosteiro de Pombeiro.

Autor de, pelo menos, 20 obras impressas e 16 manuscritas, Manuel de Faria e Sousa foi poeta, historiador e polígrafo notável.

Em 29 anos de trabalho, escreveu milhares de páginas, chegando a redigir, por dia, cem cartas de assuntos diversos. Foi o primeiro a escrever em versos de oito sílabas o que se compunha em onze, assim como, as sextinas de consoantes.

Como polígrafo, deve-se a ele a primeira grande interpretação d´ Os Lusíadas, de Luís de Camões, no ano de 1639. Como historiador, seguiu João de Barros.

Nas obras Epítome de las histórias portuguesas, de 1628, Ásia Portuguesa, de 1666, e África Portuguesa, de 1681 - estas duas últimas impressas postumamente - Manuel de Faria e Sousa mostra o desejo de escrever uma história geral do nosso país.