A intervenção que a Igreja sofreu no ano de 2006 serviu para recuperar e preservar a pintura sobre madeira de castanho, situada na capela-mor, cujo suporte e primeira pintura foram aplicados, em 1693, pelo pintor vimaranense Manuel de Freitas Padrão, um dos fundadores da Irmandade de São Lucas de Guimarães.

O teto da nave, em madeira de castanho de abóbada de berço, foi realizado no século XVIII e policromado, muito provavelmente, na mesma época com uma cor monocromática verde-água. Em meados do século XX foi pintada uma figura central, que representa a Ressurreição de Cristo, ladeado pela representação dos Evangelistas, um por cada canto do teto.
Se a primeira figura foi executada diretamente sobre o suporte, as outras quatro imagens foram produzidas sobre tela e fixas no teto com cola de contacto. Posteriormente, o teto foi coberto com esmalte sintético brilhante de cor verde alface, exceto as figuras mais recentes. As sancas também sofreram uma pintura a imitar mármore.
As pranchas de madeira do teto foram levantadas para acesso ao interior, junto à rosácea da fachada da Igreja. O tardoz foi limpo das sujidades e entulhos acumulados e a sua estrutura de fixação ao teto foi revista e reforçada. Nas zonas de madeira fragilizada e com fraca resistência mecânica foi aplicada uma resina acrílica por pincelagem.

Para efetuar a imunização curativa e preventiva contra ataque de insetos que se alimentam da madeira, aplicou-se um produto inseticida/fungicida com ação residual por 10 anos.
O fecho da abertura de acesso ao tardoz foi recolocado na sua ordem, tendo este sido, ainda, revisto e reforçado na sua ligação ao teto através da fixação com parafusos de aço inoxidável.
As telas dos quatro Evangelistas foram facilmente removidas com uma espátula, não tendo sido encontradas quaisquer pinturas subjacentes. Depois de uma limpeza dos resquícios de cola, as telas sofreram uma ligeira limpeza química para remoção de sujidades superficiais.
O repinte da pintura de esmalte sintético no teto e na sanca foi removido com decapante, espátulas e raspadores, sem recurso do calor. As argamassas de preenchimento envelhecidas entre juntas das pranchas foram removidas e substituídas por massa elástica composta por fibra de vidro.
Aplicou-se, seguidamente, um primário isolante, já afinado com a cor aproximadamente definitiva através de corantes concentrados líquidos e executou-se a pintura final, numa única demão. Para dar o tom envelhecido ao teto, aplicou-se uma demão de betume judaico.
As telas dos Evangelistas foram recolocadas no mesmo local, fixas a um suporte de contraplacado marítimo de dois milímetros. Estas pinturas, tal como a central, não estavam emolduradas, pelo que se colocou uma moldura em baixo relevo em torno de cada uma.
A sanca e as molduras aplicadas foram pintadas com um fingido de tom terra siena natural, por surgir nas portas do retábulo-mor, na sanca do teto da capela-mor, no tardoz de todas as portas exteriores e no mobiliário da Igreja, ao mesmo tempo que se harmoniza com a pedra de granito presente na Igreja.

As lacunas de policromia foram colmatadas com técnica de abstração de cor, após a limpeza superficial com solvente. Finalmente, aplicou-se uma camada de proteção com um verniz mate para quadros em todas as pinturas figurativas.
Os retábulos laterais da Igreja foram, também, objeto de uma intervenção de conservação e restauro. Ao longo de 60 dias procedeu-se à limpeza da policromia, à fixação do douramento e tratamento preventivo da estrutura retabular.
Para a limpeza, na qual se empregaram cotonetes saturados, utilizou-se uma mistura de xileno e etanol em partes iguais, com exceção das zonas verde água que se limparam apenas com dicloroetano.